事業再構築補助金の申請代行はどう選ぶ　2026年の後継制度と費用相場・AI活用

結論：事業再構築補助金は終了済み、今使えるのは後継の新事業進出補助金

事業再構築補助金は2025年3月の第13回公募で新規募集を終了しました。2026年7月時点で申請代行を検討するなら、対象は後継の中小企業新事業進出補助金（さらに年度内にものづくり補助金と統合予定）です。

実際に補助金活用の相談を受けていると、いまだに「事業再構築補助金」という旧名称で検索し、代行業者を探している経営者の方が少なくありません。無理もないことで、この補助金は2021年の創設以来、コロナ回復・物価高対応・成長分野進出など幅広い枠で知名度が定着していました。しかし公式サイト（jigyou-saikouchiku.go.jp）の案内どおり、2025年1月10日〜3月26日締切の第13回公募が最終回で、新規の応募受付は行われていません。

制度	状態（2026年7月時点）	公募回
事業再構築補助金	終了（新規募集なし）	第13回（2025年3月締切）が最終
中小企業新事業進出補助金（後継）	稼働中	第4回（2026年6月19日締切分）まで実施済み
新事業進出・ものづくり補助金（統合後の新制度）	2026年度中に公募開始予定	未定（公式発表待ち）

代行業者に依頼する前に、まず自社が実際にどの制度の対象になるのかを取り違えないことが最初の分岐点です。

なぜ終了したのか：後継制度への切り替わりの経緯

事業再構築補助金は役割を終えたのではなく、賃上げ要件を組み込んだ新事業進出補助金へバトンタッチした、と捉えるのが実態に近い動きです。

事業再構築補助金はコロナ禍の需要蒸発に対応する時限措置として設計された経緯があり、13回の公募を経て役目を終えました。後継の中小企業新事業進出補助金は2025年に創設され、総予算1,500億円規模で2027年3月までに年4回程度の公募、累計6,000件程度の採択を見込む制度として運用されています。

大きな違いは賃上げ要件の位置づけです。旧制度でも賃上げ特例はありましたが、新事業進出補助金では事業計画期間中の給与支給総額の伸び率が採択後の必須要件として明確に組み込まれており、「補助金を取って終わり」ではなく「賃上げを含めた事業計画の実行」まで含めて審査・フォローされる設計になっています。さらに2026年度中には、同じく賃上げ要件を持つ「ものづくり補助金」と統合し、「新事業進出・ものづくり補助金」（予算規模約2,960億円）として一本化される見通しが公表されています。制度の呼び方が変わっている最中なので、代行業者に相談する際も「どの回・どの制度を前提にした提案か」を最初に確認してください。

新事業進出補助金の中身：補助率・上限額・賃上げ要件

補助率は基本1/2（最低賃金引上げ特例で2/3）、上限額は従業員規模により数千万円単位で変動します。賃上げ要件を満たせない場合は交付後に返還リスクがある点が最大の変動要因です。

新事業進出補助金の基本的な補助率は1/2で、地域別最低賃金の引き上げに取り組む事業者には2/3への引き上げ特例があります。上限額は従業員数によって段階的に設定されており、公募回ごとの公募要領で数千万円規模の幅がある点は、旧・事業再構築補助金の枠別上限と同様の設計思想です。対象経費も機械装置・システム構築費、クラウド利用料、専門家費用、広告宣伝費など幅広く認められており、AI導入に関わるシステム構築・クラウド利用の費用を充当できる枠があります。

一方で見落とされがちなのが賃上げ要件の事後性です。採択はゴールではなく、事業計画期間中に給与支給総額の伸び率が基準を満たせなければ、交付決定の取り消しや返還を求められる可能性があります。代行業者の中には「採択させること」までを成果物とする契約が多く、採択後の賃上げ達成や事業実行までは責任範囲に含まれないケースが一般的です。契約前に、どこまでが代行の守備範囲かを確認しておく必要があります。

代行を使う場合の費用相場と依頼先の選び方

代行費用は着手金5〜30万円＋成功報酬（採択額の10〜20%）が一般的な相場です。2026年1月施行の改正行政書士法により、無資格者への依頼にはこれまでよりも明確な法的リスクが生じています。

申請代行の料金体系は主に「着手金＋成功報酬型」「完全成功報酬型」「固定料金型」の3パターンに分かれます。相場観としては着手金5〜30万円、成功報酬は採択された補助金額の10〜20%程度が目安とされています（例：着手金15万円＋成功報酬75万円で合計90万円程度、というケースも紹介されています）。完全成功報酬型は不採択時の費用負担がゼロになる代わりに、成功時の報酬率が高めに設定される傾向があります。

見落としてはいけないのが、2026年1月1日に施行された改正行政書士法です。行政書士資格を持たない者が「コンサルティング料」などの名目であっても、報酬を得て補助金申請書類の作成代行を行うことは明確に違法と整理されました。違反した場合は1年以下の拘禁刑または100万円以下の罰金の対象となり、依頼した事業者側も無関係ではいられない可能性があります（違法な代行が発覚した場合、採択取り消し・受給済み資金の返還を求められるリスクも指摘されています）。依頼先を選ぶ際は、行政書士資格の有無、または書類作成そのものを行わず事業計画の壁打ち・情報整理支援に徹しているかを、契約前に必ず確認してください。費用相場・法的な線引きのより詳しい整理は、関連記事の「補助金申請代行の費用相場」「補助金申請代行は違法？」もあわせて参照してください。

代行に頼る前に：補助金×AI導入を「設計」してから動く

書類作成の代行だけを依頼しても、採択後にAIをどう業務へ組み込むかまでは代行の範囲外です。申請前に自社の業務のどこにAIを組み込むかを設計しておくと、採択後の実行フェーズでつまずきにくくなります。

代行業者の多くは「採択される書類を書くこと」を専門にしており、それ自体は専門性の高い仕事です。ただし新事業進出補助金・ものづくり補助金いずれも、システム構築費やクラウド利用料をAI導入に充てられる一方で、採択後に賃上げ要件を含む事業計画を実行できるかどうかまでは代行の契約範囲に含まれないのが一般的です。

事業再構築補助金でAI/システム投資を検討している経営者からよく受ける相談は、「補助金は通ったが、結局どの業務にAIを組み込めば投資回収できるのか分からない」というものです。これは書類の巧拙の問題ではなく、申請前の業務設計が薄いまま進んでしまうことが原因です。代行業者と正面から競合するつもりはなく、私たちが提供しているのは「補助金を使ってAIをどこに組み込むか」を事業計画の段階から設計し、採択後の実行まで伴走する診断です。書類作成の専門性は行政書士等の専門家に、業務設計とAI活用の伴走は別の専門家に、と役割を分けて依頼する方が、結果的に投資回収までの距離が短くなります。

自社のどの業務にAIを組み込めば補助金の投資回収につながるか迷ったら、初月無料の経営AI診断（通常30万円相当）で現状の業務を可視化し、改善提案までご一緒することもできます。

まとめ

事業再構築補助金は2025年3月の第13回公募で終了し、2026年7月時点で使えるのは後継の中小企業新事業進出補助金です。さらに年度内にはものづくり補助金と統合される見通しも公表されています。代行を使う場合は着手金5〜30万円＋成功報酬10〜20%が相場の目安で、2026年1月施行の改正行政書士法により無資格者への依頼には明確な法的リスクが生じています。書類作成の代行と、補助金を使ったAI導入の業務設計は別物です。まず自社がどの制度・どの公募回の対象になるかを公式サイトで確認したうえで、投資回収まで見据えた設計を先に固めることをおすすめします。

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